天正九年，信长结束热闹的马会后，召集家臣说：「京都附近的逆党皆已扫平，接下来就是剷除不愿臣服的伊贺忍者国，达成天下布武的梦想!」
伊贺距离京都虽近，却是群山环抱，外人难进的深山之国。服部、拓植、河合等豪族因此组成恶党，与信长作对。信长点齐瀧川一益、丹羽长秀、筒井顺庆、蒲生氏乡、森长可五大战将，浩荡出征。行至深山扎寨，筒井顺庆提醒道：「伊贺乃群山包围之地，军旅移动困难。伊贺忍者又擅长火器及山岳战，要严防偷袭!」
信长说：「传令各部，彻夜点亮火把，让忍者无所遁形!」又以兵力优势，攻破各山头，最后才将伊贺山城团团包围。
果心居士正在城中做客，见外头围着四万大军，根本无处可逃，只好对守在城外的筒井顺庆说：「筒井大人，咱俩做个交易，你放我离开，我就告知你伊贺山城的弱点，如何?」
双方一拍即合，筒井将进攻的秘道回报信长，正待出击，瀧川一益自告奋勇说：「在下熟知伊贺忍者之战术，愿为先锋，一举活捉百地丹波!」乃率领甲贺忍者，连夜混进城里。
百地丹波正在房中安睡，突然四周火起，一片混乱，才知瀧川早已打开城门，招呼织田大军进城了。伊贺忍者被杀得落花流水，信长心下大喜，策马奔杀城中，突然一枚子弹呼啸而至，擦过脸颊，留下长长血痕。
原来音羽城户见他身披西洋铁甲、肩飘烈火披风，料想必是信长，立即开火反击。信长脸颊溅血，勃然大怒：「彻底消灭伊贺国，管他是百姓还是飞禽走兽，通通斩尽杀绝!」
伊贺全境的城里村庄、山林寺庙尽遭摧毁，不论忍者、和尚或老幼妇孺，皆遭诛灭，首领百地丹波也不知是死是活，下落不明，史称天正伊贺之乱。
信长得胜后，刚回安土城，稻叶一铁即来求见：「主公，现今追随光秀的斋藤利三，原是我的属下，能不能请主公向光秀大人说明此事，让利三重回我的麾下任职。」
信长头疼无比：「一铁啊，我一见你，你就偏要提这事吗?好吧，我会向光秀解释的。」
光秀收到传令后，带着斋藤利三前往安土城，叙礼完毕，问说：「不知主公传我等前来，有何指示?」
信长说：「其实事情是这样的，利三曾追随过一铁，却因战争之故，辗转来到你的麾下。如今丹波已告平定，也该让他回归旧部了。」
光秀说：「这么多年来，我与利三出生入死，患难与共，又岂能拱手将他让予他人?这件事还请主公见谅。」
信长胀红了脸：「难道连我的命令，你也不听吗?」
光秀再三致歉：「利三战功卓着，被誉为『明智枪神』，乃是本家的精神象徵。所以这件事，实在碍难从命，望请主公宽恕!」
信长见他不肯赏脸，气得一脚踹了过去：「岂有此理，越来越放肆了!」拂袖离去。
利三赶忙扶起光秀：「主公无恙否?」光秀羞愤无比，握住利三之手，叹道：「毋需多说，利三，你只要记住，咱们曾经是生死与共的战友，这就足够了。」以袖拭泪，悲伤不已。
再说秀吉平定三木城后，正在庆功，却听说信长攻打伊贺的消息，不禁疑惑：「伊贺乃是忍术发源地，对统一大业应无影响，主公为何要进攻那种微不足道的地方?」
黑田官兵卫说：「伊贺眾身怀绝技，据山为王，主公好意收揽，他们却不愿臣服，主公这才下达伊贺格杀令。高野山的僧人也因为窝藏荒木残党，被极刑处死了!」
山内一丰惊喊：「真有这事，信长大人疯了吗?该不会是西路群雄的背叛，让他留下阴影，人格扭曲了吧!」
秀吉想起信长下令屠杀八上城，逼死光秀之母，如今又将伊贺夷为平地，不禁怔怔出神：「主公究竟怎么了?怎又做出如此残忍之事?」
官兵卫说：「主公大概是想杀鸡儆猴，让抗命者有个教训，但手段如此极端，说不定又将激起民变了!」秀吉叹了口气：「希望别真的发生叛乱才好，否则好不容易平定的天下，又将陷入混乱了。」
织田家暗潮汹涌，是否会再起风浪呢?